Türkiye'de Hemofili B Olgularında Genetik Varyasyonları Tanımlama ve Türkiye Hemofili B Genetik Veri Tabanı (TR-Hbgvt) Oluşturulması

Abstract

F9 gen mutasyon profilini belirleyerek, yanlış anlamlı varyasyonların in silico ve in vitro fonksiyonel karakterizasyonunun analiz edildiği, genotip-fenotip ilişkininin oluşturulduğu ulusal veri tabanının oluşturulması amacıyla yürütülmüş olan Türkiyede Hemofili B olgularında genetik varyasyonları tanımlama ve Türkiye Hemofili B Genetik Veri Tabanı (Tr-HBGVT) oluşturulması başlıklı projemiz kapsamında ülkemizde yaşayan toplam 236 (ağır, orta ve hafif) hemofili B hastasından alınan tükürük örneklerinden izole edilen DNA örneklerinde çalışma yapılmıştır. F9 geninde ekzon 3 ve ekzon 8 dışında diğer ekzonların analizi High Resolution Melting (HRM) ile mutasyon taraması yapılmıştır. Yapılan çalışmalar sonucunda HRM analizinin %83,43 doğruluk oranı ile F9 gen varyasyonlarını tespit edebildiği belirlenmiştir. Yapılan DNA dizi analizleri sonucunda varyasyon bulunan toplam 151 hastada F9 varyasyonları tespit edilmiştir. Hastaların %26,49sında frekans ile yalnızca Malmö A/G dimorfizmi tespit edilmiştir. 18 hastada daha önce uluslararası veri tabanlarında listelenmemiş 14 farklı F9 gen varyasyonu (11i yanlış anlamlı) tespit edilmiştir. Yapılan mutasyon taraması sonucunda toplam 111 hastada daha önce Hemofili B hastalarında tespit edilmiş olan mutasyonlar ve aday mutasyonlar tespit edilmiştir. Çalışmada toplam 61 farklı F9 varyasyonu tespit edilmiştir. Bunlara ek olarak, tükürük ve lökosit DNA örnekleri ile yapılan analizler ile 4 erkek hastada somatik mozaiklik olduğu gösterilmiştir. Hastalarda tespit edilen yeni yanlış anlamlı varyasyonlar için in silico ve moleküler simülasyon çalışmaları yapılarak patojeniteleri tahmin edilmiştir. Heterologus hücre sisteminde yapılan in vitro ekspresyon çalışmaları ile varyasyonlardan p.Cys117Glynin, p.Asn166Lysnin ve p.Trp240Glynin proteinin hücre dışına salınımını önemli derecede etkilediğini göstermiştir. Bu çalışmalara paralel olarak mutasyon bulunan hastaların klinik ve genotip bilgileri de PostgreSQL Veri Tabanı Yönetim Sistemi kullanılarak oluşturulan, Tr-HBGVTde kullanıcı adı ve parola ile veri tabanına girilmiştir. http.//f?ver.herokuapp.com/patients adresinde yer alan Tr-HBGVTde listelenen varyasyonlar şifresiz olarak kullanıcılar tarafından görüntülenecek şekilde kullanıma sunulmuştur.