Kardiyovasküler hastalıklarda fragman analizi yöntemine dayalı genetik yatkınlık tanı kiti geliştirilmesi

Abstract

DNA polimorfizminin en yaygın türü olan tek nükleotid polimorfizimleri (SNP) yaygın hastalıkların genetik temellerini oluşturabilmekte ve bireyleri hastalıklara daha yatkın hale getirebilmektedir. SNP'lerin sebep olduğu allel varyantlarının tespiti genetik tanıda önemli bir araç olan SNP genotiplemesi yöntemi ile gerçekleştirilebilmektedir. Bu sayede, hastalıklara yönelik genetik risklerin tanımlanması mümkün olmaktadır. Uygulanan genetik testler, hastalığa genetik yatkınlığı olan kişilerin tanımlanması, hastalıkların yönetimi ve önlenmesi için klinisyenlere hasta için en uygun tedavi ve desteği seçmede rehberlik eder. SNP'leri hedefleyen genotipleme panelleri, kardiyovasküler hastalıkların da dahil olduğu, yaygın hastalıklara yatkınlığı araştırmak için kullanılan güçlü araçlardır. Bu çalışmada amaç, kardiyovasküler hastalıklara genetik yatkınlığın teşhisi için faydalı ve özgün bir SNP genotipleme kiti geliştirmektir. Günümüzde, kardiyovasküler hastalıklarla bağlantılı olduğu bilinen, klinik açıdan anlamlı 23 SNP bu tez kapsamında geliştirilen tanı paneli içeriğine dahil edilmiştir. Bu yönteme dayalı olarak, yapılan tez çalışmasında kapiler elektroforez cihazında çalışmaya uygun, fragman analizi yöntemine dayalı, kullanımı hızlı ve kolay bir teşhis kiti geliştirilmesine odaklanılmıştır. Mevcut tez çalışmasında Değişken Fragman Uzunluğu Allel Spesifik Polimeraz Zincir Reaksiyonu (VFLASP) ve Amplifikasyona Dirençli Mutasyon Sistemi (ARMS) yöntemleri, allelik varyasyonları tespit etmek için güvenilir yöntemler olarak seçilmiştir. Her iki tekniğin etkinliğini artırmak için yeni ve özgün bir strateji geliştirilerek VFLASP-ARMS adı ile sunulmuştur. Çalışmada elde edilen sonuçlar, bu tez kapsamında yenilikçi bir yöntem olarak sunulan VFLASP-ARMS yönteminin SNP genotipleme analizlerine dahil edilebilecek etkin ve verimli bir tasarım metodolojisi ortaya çıkardığını göstermiştir. Tasarlanan bu kitin uzun vadede ticari faaliyetler ile ulusal ve uluslararası profesyonel kullanıcılara ulaştırılması ve Türkiye'de yerli üretime katkıda bulunması hedeflenmiştir.The most common type of DNA polymorphism, single nucleotide polymorphisms (SNPs), can form the genetic basis of common diseases and make individuals more susceptible to these diseases. The detection of allele variants caused by SNPs can be performed using SNP genotyping, an important tool in genetic diagnosis. Through this method, it is possible to identify genetic risks for diseases. The applied genetic tests guide clinicians in selecting the most appropriate treatment and support for patients, aiding in the identification of individuals genetically predisposed to diseases, and in the management and prevention of these diseases. Genotyping panels targeting SNPs are powerful tools used to investigate susceptibility to common diseases, including cardiovascular diseases. The aim of this study is to develop a useful and specific SNP genotyping kit for diagnosing genetic susceptibility to cardiovascular diseases. Currently, the diagnostic panel developed within the scope of this thesis includes 23 clinically significant SNPs known to be associated with cardiovascular diseases. Based on this method, the thesis focused on developing a diagnostic kit suitable for use with a capillary electrophoresis device, based on the fragment analysis method, and designed for quick and easy use. In this thesis study, the Variable Fragment Length Allele Specific Polymerase Chain Reaction (VFLASP) and Amplification Refractory Mutation System (ARMS) methods were selected as reliable techniques for detecting allelic variations. A new and original strategy was developed to enhance the efficiency of both techniques, presented under the name VFLASP-ARMS. The results obtained in the study demonstrated that the VFLASP-ARMS method, presented as an innovative approach within the scope of this thesis, revealed an effective and efficient design methodology that can be incorporated into SNP genotyping analyses. It is aimed that this kit, designed for long-term commercial activities, will reach national and international professional users and contribute to domestic production in Turkey