In silico analysis of dicer-like protein (DCL s) sequences from higher plant species

Abstract

Dicer ve Dicer benzeri (DCLs) proteinler küçük RNA biyogenezi yolunun bir parçasıdır ve uzun dsRNA(pre-miRNA)yı küçük RNA parçalarına sindiren RNase III tipi proteinlerdir. NCBIda kullanılabilirfarklı organizmalara ait 20 tam uzunlukta Dicer benzeri proteinler (DCL1, DCL2, DCL3 and DCL4)biyoenformatik araçlar yardımıyla DCLslerin özellik ve yapıları, domain analizleri, çoklu dizi hizalanmalarıve flogenetik ağaç yapımının araştırılması için değerlendirilmiştir. Bütün DCLs protein dizileri, RNaseIIIdomainin kapsadığı helikaz ATP-bağlanma tip 1, helikaz C-terminal, dicer çift zincir RNA, PAZ,ribonükleaz III, çift zincir RNA-bağlanma domain (dsRB) ailesinin bulunduğu ribonükleaz III proteinailesine sahiptir. Fizikokimyasal analizler bu enzimler hakkında pI, EC, Al, GRAVY ve instabilite indeksigibi bilgileri sunmuştur. Bitki türerinde korunurlu varsayılan fosforilasyon bölgeleri belirlenmiştir vesonuçlar DCLs proteinlerinde en sık fosforilasyon bölgesinin serin kalıntısında olduğunu göstermiştir.Motif ve profl analizlerinde Prosite, korunurlu protein motiferinde en iyi muhtemel eşleşmelerin eldeetmek için MEME kullanılmıştır. Filogenetik ağaç üç ana kümeyle temsil edilmiş ve farklı bitki türlerindekiDCLs protein dizileri beraber kümelenmiştir. Elde edilen sonuçlar, gelecekteki homoloji modelleme vein silico analizlerde kullanılabilir.