Çok çekirdekli işlemciler için moleküler dinamik simülasyonu

Abstract

Olay Temelli Moleküler Dinamik simülasyonunun paralelleştirilmesi problemi son yıllarda gelişen çok çekirdekli işlemcilerin sağladığı avantajları kullanma adına önemli bir problem haline gelmiştir. Önerilen çok az sayıdaki algoritmanın yetersiz kaldığı görülmüş ve bu konudaki eksiğin giderilmesi adına asenkronize, kilit mekanizmalarından mümkün olduğu kadar arındırılmış yeni bir algoritma tasarlanmıştır.Tasarlanan algoritma, yönetici-işçi (Master-Worker) modeli ile üretici-tüketici (Producer-Consumer) modelinden yola çıkılarak asenkronize ve kilitsiz (lock-free) veri yapıları yardımıyla gerçeklenmiştir. Yapılan çalışmalar neticesinde deneylerde şuana kadar literatürdeki en iyi performans elde edilmiş, gelecek çalışmalar adına umut verici sonuçlar ortaya çıkmıştır.In recent years, in the behalf of using the advantages of the improved multi-core processors collimate the Event-Based Molecular Dynamics simulation problem has become an important problem.A few algorithms have been proposed. The algorithms are examined and it shown that all algorithms are insufficient in many cases. Therefore a new asynchronies lock-free parallel algorithm is proposed and the simulation performance has been improved as much as possible.The designed algorithm is implemented on the basis of Master-Worker model and Producer-Consumer model with the aid of asynchronous and lock-free data structures. As a result of the studies, the best performance of the literature is obtained in the experiments and the obtained results are promising for the future studies.