Moleküler tasarım için bilimsel veritabanı geliştirme ve ortak kullanıma hazırlama

Abstract

Günümüzde biyolojik aktiviteler konusunda oldukça ciddi SAR (Structure-activity Relationships) çalışmaları yapılmaktadır. Bunlarla ilgili bilgilere yazılı ve elektronik ortamda ulaşmak mümkündür. Bu kaynaklara ek olarak web tabanlı SAR hesaplamaları yapan ve moleküler özellikleri veritabanına aktaran yeni gelişmeler de söz konusudur. Bu veritabanları ve hatta veri modelleri, moleküler hesaplama metodları dikkate alınarak hazırlanmıştır. Buradaki çalışmamızda oluşturulan veritabanı ise, yine bir SAR metodu olan lETM-Etecironic-TopotogicatMethod metoduna: göre tasarlanmıştır ETM metodu, şimdiye kadar yapılmış birçok çalışma ile gösterildiği gibi çok sayıda biyolojik aktivite için tahmin yeteneğine sahip bir metottur. Onu diğer SAR metodlarından ayıran en önemli özelliği ise daha çok ilaç tasarımında kullanılan aktif bileşik sentezleri için daha kesin ve tam kurallar getirmesidir. Veritabanı geliştirme çalışması, ETOSAR adı verdiğimiz ana projemizin çekirdek modülünü oluşturmakta ve farklı SAR metodlarının giriş-çıkış formatlarını birbirine çevirme ve entegre etmek için temel teşkil etmeyi amaçlamaktadır. Projenin bir sonraki aşaması, bu çalışmayı geliştirdikten sonra internet ortamında paylaşıma açarak endüstriyel ve akademik araştırmalar için hizmet vermesini sağlamaktır.Structure-activity relationships (SAR) studies are represented by a huge amount of information on various biological activities. They are distributed in a great number of both printed and electronic sources. Recently, in addition to the published results, different Web-resources that contain applications for SAR calculations and databases (DB) on molecular properties become available. The content of the DBs and, to some degree, their models are clearly influenced by the methods used for molecular calculations. Here a DB designed for accumulating and publishing SAR calculations that are the result of the so-called electronic-topological method (ETM) is described. The method is capable of predicting a range of biological activities on the base of previously done ETM-studies. The ETM differs from other SAR approaches in giving strict rules for active compounds synthesis that is especially valuable for drug design. The database development is a core part of a project (ETOSAR) aimed in integrating and exchanging results of different SAR studies, which are presently accessible on the Internet, with wide community of experts both from industry and research centers.