Bilimsel araştırmalarda karar verebilen uygulamalı bir sistem tasarımı ve gerçekleştirimi

Abstract

Farklı bilimsel araştırmalar için, uygulamalı sistem tasarımı, yazılım mühendisliğinin önemli bir yönüdür. Bilgisayar döneminde, insan gücünü büyük oranda azaltmak için tek yol, her branş için yapılan bilimsel araştırmanın hızlı bir şekilde toplanmasıyla elde edilen bilimsel veriyi büyük oranda işlemektir. Bu çalışma, uzun yıllardır kimyagerlerin ilgisini çeken, bilimsel bir probleme ilişkindir. Bu problem, biyolojik nitelikler üzerinde etkisi olan kimyasal bileşenlerin yapısal özelliklerinin tanınmasıdır. Bu, yapı - aktivite ilişkisi (YAİ) (structure aktivity relationship (SAR)) problemi olarak tanımlanabilir. Bu problemi çözmek için kullanılan tüm olası yaklaşımlar, QSAR ismi ile tanımlanırlar (nicel / nitel SAR metotları (NYAÎ)). Moleküler modelleme (MM), tüm bu yaklaşımlar için, SAR çalışmasının temeli olarak fakat farklı bir şekilde kullanılır. Bu araştırmada, öncelikle problemin farklı düzeylerini dikkate almak açısından, tüm olası QSAR yaklaşımları incelenmiştir. Ardından herhangi bir uygulamalı sistemin temeli olan MM hakkında temel görüşler ortaya konmuştur. ETM (graflar ve sıralamalar) talebi için kullanılan alternatif yaklaşımlar tartışılmış ve karşılaştırılmıştır. Sonuç olarak Web için sistem kullanımına ilişkin bazı sorulara yönelik kısa bir tartışma oluşturulmuştur.%k\ * -v".* The applied systems design for different scientific researches ispari* important aspect of software engineering. In the era of computers this is the only way to reduce greatly the amount of human labor needed to process huge volumes of scientific data that are being instantly accumulated in every branch of scientific researches. In this work, we are concerned with a scientific problem that attracts attention of chemists for many years. It is the problem of recognizing those structural features of chemical compounds that influence their biological properties. It is known as the structure-activity relationships (SAR) problem. All possible approaches used to solve the problem bare the name of QSAR (i.e. quantitative/qualitative SAR methods). Molecular modeling (MM) is being used in all these approaches as a basis for the SAR study but quite differently. In the thesis, first of all in order to take into account of the following aspects of the problem are studied; a short description of all possible QSAR approaches is given. Next we discuss main aspects of the MM being the basis for any applied system that is intended for the solution of the SAR problem (hypothesis, model). Alternative approaches that are used to supply the ETM (graphs and sequences) are discussed and compared. In conclusion a short discussion of some questions concerning the system use for the Web is given.