Nohut (cicer arietinum L. ) bitkisinde farklı çeşitler arasındaki genetik polimorfizmin DNA markır teknolojisi ile tanımlanması

Abstract

Bu çalışmada adlan Canıtez, Uzunlu, Menemen, ER-99, 87AK71112, 87AK71114, ILC-195-2, ILC-482, Gökçe olan Türkiye'ye has 9 farklı nohut (Cicer arietimtm L.) çeşidinin parmakizleri çıkanhp, RAPD markırlanna dayah polimorfîzm oranlan belirlenmesi amaçlanmıştır. Çalışma adı geçen nohut çeşitleri üzerinde yapılan ilk RAPD analizi çalışmasıdır. Analizler morfolojik özellikleri bilinen bitkilerin genç yapraklarından izole edilen genomik DNA'lann, rastgele seçilmiş 10 bazhk 9 farklı oligonüklotidlerin kullanılması ile elde edilen markırlann yorumlanması yoluyla yapılmıştır. Çalışılan bütün primerler İle çoğaltım reaksiyonlan başardı olmuştur ve büyüklükleri ortalama olarak 250-5000 baz çifti arasında değişen, toplam 122 markır elde edilmiştir. Birbirlerine en çok benzeyen çeşitler ile birbirlerine en az benzeyen çeşitler belirlenmiştir. Birbirine en çok benzeyen çeşitler arasında polimorfîzm en düşük durumda iken, en az benzeyenler arasındaki polimorfîzm en yüksek durumdadır. Buna göre, çalışılan çeşitlerde en düşük polimorfizme Gökçe çeşidi ile ILC- 195-2 çeşidi arasında rastlanmıştır (benzerlik oram: %60,31). En yüksek polimorfîzm (benzerlik oram: %26,11) ise ER-99 çeşidi ve 87AK71112 çeşidi arasında gözlenmiştir. Aynca genel olarak İncelendiğinde ER-99 çeşidinin diğer çeşitlere göre çok daha polimorfîk olduğu sonucuna ulaşılmıştır. Bu sonucun dışında diğer çeşitler ile arasında nispeten daha az olmakla birlikte polimorfîzm gözlenmiş üç çeşit daha mevcuttur. Bunlar ILC-482, 87AK71112 ve Canıtez çeşitleridir. Birbirlerine morfolojik olarak ve yetişme koşullan bakımından en çok benzeyen 87AK71112, 87AK71114 çeşitleri arasında beklenenden çok daha düşük bir benzerlik (benzerlik oranı: %40,09) gözlenmiştir. Bu çeşitlerden 87AK71114 çeşidinin Menemen'e (benzerlik oranı:%56,36); 87AK71112 çeşidinin ILC-195-2 (benzerlik oranı: %45,45) çeşidine daha çok benzedikleri belirlenmiştir. Sonuç olarak bu çalışmada kullanılmış olan nohut çeşitlerinde çok yüksek olmamakla birlikte polimorfîzm saptanmıştır.In the presented study, DNA fingerprints of Canttez, Uzunlu, Menemen, ER- 99, 87AK71112, 87AK71114, ILC-195-2, ILC-482 and Gökçe varieties of chickpea (Cicer coietirmm L.) which are generic to Turkey have been investigated. Polymorphism degrees of these varieties have also been determined. RAPD analysis technique was applied to establish the polymorphism at DNA level. This study is the first RAPD analysis carried out on these varieties. Interpretations of markers were made using 9 different 10 base length oligonucleotides of genomic DNAs that have been isolated from the young leaves of the crop whose morphologic traits are known. Amplification reactions on all selected primers were succesfully performed. A total of 122 markers having an average size between 250-5000 base pairs were obtained. Calculations were made on varieties between similar and un similar varieties. In consequence it is found that the morphologically most similar varieties have the lowest polymorphism while the morphologically least similar ones have the highest. Among the studied varieties, the lowest polymorphism (Similarity: 60,31%) has been found in between Gökçe and ILC-195-2. In addition to that findings, the highest polymorphism (Similarity: 26,11%) was observed in between the varieties of ER-99 and 87AK71112. Compared to the other varieties, ER-99 was found to be more polymorphic. Considerably lower degree of polymorphism was observed among three more varieties (ILC-482, 87AK71112 and Canrtez). Similarity degree between the varieties of 87AK71 1 12 and 87AK71 1 14 was found out to be lower (40,09%) than expected. Although, these varieties have common morphological traits, 87AK71 1 12 was found to be more similar to ILC-195-2 (45,45%) and 87AK71 1 14 observed to be more similar to Menemen (56,36%). As a result of this study, polymorphism was determined to be not too high among the studied varieties.